De havenbedrijven zijn verantwoordelijk voor de exploitatie en het onderhoud van de binnen het havengebied gelegen zeesluizen. Voor dit onderhoud en de exploitatie kan de Vlaamse Regering, binnen de perken van de begroting, toelagen toekennen aan de havenbedrijven.(zie ook subsidies havenbedrijven) Enkel de werkelijk gemaakte onderhoudskosten noodzakelijk voor het operationeel houden van de zeesluizen komen in aanmerking. Aangezien de overheidscompensatie voor het onderhoud en de exploitatie van zeesluizen binnen de havengebieden beperkt blijft tot de werkelijke kosten en geen voordeel voor het havenbedrijf meebrengt wat zijn commerciële activiteiten betreft worden deze niet beschouwd als staatssteun zoals bedoeld in artikel 87 van het EG-verdrag.
Een overeenkomst tussen het Vlaamse Gewest en de havenbedrijven regelt de vergoeding voor het regulier onderhoud en de exploitatie van de zeesluizen. In 2011 werd een nieuwe samenwerkingsovereenkomst afgesloten met de havens Oostende, Zeebrugge en Antwerpen. Deze overeenkomsten lopen tot en met 2013. Controle en toezicht van gemaakte onkosten wordt uitgevoerd door de afdeling Maritieme Toegang. De behandeling van de 3 zeehavens gebeurt op een analoge manier.

