Wanneer bij de havenontwikkeling natuurgebied verloren gaat, wordt dit doorgaans gecompenseerd door de creatie en inrichting van nieuwe natuurgebieden van minimaal dezelfde afmetingen. De Vlaamse Landmaatschappij is meestal betrokken bij het verwerven van de nodige gronden en voor de natuurinrichting. Belangrijk is dat de natuurcompensatie moet gerealiseerd zijn voor de start van de werken.
Recente natuurinrinchtsprojecten waar Maritieme toegang bij betrokken is:
- natuurinrichting ter compensatie van verlies leefgebied voor de rugstreeppad in de Waaslandhaven
- opstalvalleigebied, compensatie voor AMORAS
- strandopspuiting Lombardzijd ter compensatie van havendammen Oostende
- natuurinrichting Fort Filip ter compensatie van de 3de verruiming(maakt deel uit van het sigmaplan).
