Het belang van de Vlaamse zeehavens voor de economie en werkgelegenheid kan nauwelijks overschat worden. Maar de havens genereren als concentratiegebieden van industriële en logistieke functies grote transportstromen, emissies naar lucht en water en vormen zo een belangrijke bron van overlast voor de omgeving en het leefmilieu.
Een mooie illustratie zijn de voor de toegankelijkheid van de havens noodzakelijke baggeractiviteiten. Deze brengen specifieke milieuproblemen met zich mee zoals verstoring van habitats, ingrijpen op de hydromorfologische structuur, de slibproblematiek enz (zie ook 'baggeren en milieu').
Gek genoeg zijn de havens voor diverse diersoorten aantrekkelijke verblijfplaatsen, wat een bijkomend element van aandacht is voor het beleid.
Inmiddels wordt een groot deel van de het milieubeleid bepaald door Europese richtlijnen, die worden omgezet in decreten.
Gevolg is dat plannen voor een verdere uitbouw van de haveninfrastructuur steeds worden voorafgegaan door onderzoek naar mogelijke milieu-implicaties en leiden tot eventuele natuurcompensaties.
